Прошло пять лет с тех пор, когда все было прекрасно, и теперь герои столкнулись с новой невероятной угрозой — захватчиками LEGO DUPLO®, прибывшими из космоса и разрушающими всё на своем пути куда быстрее, чем герои могут построить вновь. В борьбе за восстановление гармонии во вселенной ЛЕГО Эммет, Люся, Бэтмен и их верные друзья отправятся в далекие неизведанные миры, в том числе необыкновенную галактику, где всегда царит музыка. Героям предстоит доказать свою смелость, находчивость и мастерство, а также понять, что каждый из них — особенный.

Действие фильма происходит через 300 лет после Великой войны в XXVI веке. Доктор Идо находит останки женщины-киборга. После починки киборг ничего не помнит, но обнаруживает, что в состоянии пользоваться боевыми приемами киборгов. Начинаются поиски утерянных воспоминаний.